有些地区根本无法应用某些技术而迫使国际快递全系统水平的下降；不同国家不同标准，也造成国际间“接轨”的困难，因而使国际快递系统难以建立；不同国家的风俗人文也使国际快递受到很大局限。

国际快递运输涉及面广，情况复杂多变。国际快递运输涉及到国内外许多部门，需要与不同国家和地区的货主、交通运输、商检机构、保险公司、银行或其它金融机构、海关、港口以及各种中间代理商等打交道。

国际快递运输的风险较大。由于在国际快递运输中环节多，运输距离长，涉及的面广，情况复杂多变，加之时间性又很强，在运输沿途国际形势的变化、社会的动乱，各种自然灾害和意外事故的发生，以及战乱、封锁禁运或海盗活动等，都可能直接或间接地影响到国际快递运输，以至于造成严重后果，因此，国际快递运输的风险较大。

为了转嫁运输过程中的风险损失，各种进出口货物和运输工具，都需要办理运输保险。

国际快递运输相比于商业快递速度偏慢。查询网站信息滞后、通达国家较少、一旦出现问题查询只能做书面查询、时间较长。